Christoph Schoener studierte in Freiburg, Paris und Amsterdam bei Ludwig Doerr, Gaston Litaize und Ewald Kooiman. Viele Jahre wirkte er im Rheinland, von 1991 bis 1996 auch als Landeskirchenmusikdirektor, bevor er 1998 als Kantor und Organist an die Hauptkirche St. Michaelis nach Hamburg berufen wurde. Dort führte er mit seinem Chor St. Michaelis neben regelmäßigen Konzerten mit den Hauptwerken von J. S. Bach das wesentliche oratorische Repertoire von Monteverdi bis Bernstein auf. Viele Jahre war er als Orgellehrer an verschiedenen deutschen Hochschulen tätig, zuletzt von 2013 bis 2015 in Leipzig. Konzertreisen als Organist führten ihn in nahezu alle Länder Europas, nach Israel und Südafrika und in die USA. Mehrfach war Christoph Schoener zu Gast beim Schleswig-Holstein Musikfestival und in der Hamburger Elbphilharmonie. Seine Einspielung sämtlicher Orgeltoccaten von J. S. Bach beim Label MDG wurde 2016 mit einem ECHO-Klassik ausgezeichnet, weitere CDs mit Werken von Reger, Bach/Reger, Brahms und Mendelssohn erschienen ebenfalls bei MDG. Im Jahr 2018 erhielt er durch den Senat der Freien und Hansestadt Hamburg den Ehrentitel „Professor“.