Die Kirche wurde vom Berliner Stadtplaner und Kirchenbaumeister Johannes Otzen entworfen. Im Jahr 1994 hatte ein absichtlich ausgelöster Brand erhebliche Zerstörungen an dem Gebäude zu Folge. Völlig zerstört wurde die Orgel. Neue Wege ging die Kirchengemeinde, als sie sich dazu entschloss, St. Johannis kulturell zu nutzen. Seitdem werden für vielfältige kulturelle Veranstaltungen Mittel erwirtschaftet, die auch zur Erhaltung des Gebäudes erforderlich sind.

Nachdem die Orgel durch Brandstiftung komplett zerstört war, entschied man sich für den Bau eines Instruments der Firma Kuhn, da es bis zu diesem Zeitpunkt ein solches Instrument in Norddeutschland nicht gab. Die 1998 fertiggestellte Orgel orientiert sich in ihrer Klanglichkeit an den Instrumenten von Cavaillé-Coll.

I. Grand Orgue C–g³
Montre .....................16’
Montre .......................8’
Flûte harmonique .....8’
Gambe .......................8’
Bourdon ....................8’
Prestant .....................4’
Flûte ...........................4’
Doublette ..................2’
Fourniture ............5f. 2’
Cornett .................5f. 8’
Trompette .................8’
Clairon .......................4’

II. Positif (schwellbar) C–g³
Bourdon ..................16’
Montre .......................8’
Salicional ...................8’
Flûte ...........................8’
Bourdon ....................8’
Prestant ....................4’
Flûte ..........................4’
Nazard ................ 2 2/3’
Doublette ..................2’
Tierce ...................1 3/5’
Plein-jeu ........ 4f. 1 1/3’
Trompette .................8’
Cromorne ..................8’
Tremblant

III. Récit (schwellbar) C–g³
Quintatön ................16’
Flûte traversière .......8’
Viole de Gambe ........8’
Bourdon ....................8’
Voix céleste ... 8’ (ab c0)
Flûte octaviante ........4’
Octavin ......................2’
Pleinjeu .................5f. 2’
Basson .....................16’
Trompette harm. ......8’
Hautbois ....................8’
Voix humaine ............8’
Clairon harm. ............4’
Tremblant

Pedal C–f¹
Soubasse ................32’
Montre .....................16’
Soubasse ................16’
(Extension Soubasse 32’)
Violon ......................16’
Flûte ...........................8’
Violoncelle ................8’
Flûte ...........................4’
Bombarde ...............16’
Trompette .................8’
Clairon .......................4’

Normalkoppeln, Superoktavkoppel III/P, Suboktavkoppel III/I; Spieltraktur mechanisch, Registertraktur elektrisch, Schleifl de; Setzeranlage (256 Kombinationen), Registercrescendo