Die heutige St. Pankratiuskirche wurde 1682 an Stelle einer wesentlich kleineren mittelalterlichen Kirche errichtet. Die Kirche ist in besonderer Weise mit dem Leben Arp Schnitgers verbunden. Er hatte hier 1684 Gertrud Otte geheiratet. Die Aufstellung der Orgel direkt unter der Decke könnte auf Schnitgers belegbare Beratertätigkeit beim Kirchenbau zurückzuführen sein. Durch den Kirchenbau und die prächtige Ausstattung war die Neuenfelder Kirchengemeinde erhebliche finanzielle Verpflichtungen eingegangen, die nicht reibungslos bedient werden konnten. 1693, also fünf Jahre nach Fertigstellung der Orgel, erhielt Schnitger zur Tilgung der Restschuld die Erlaubnis, rechts neben der Kanzel einen persönlichen Kirchenstuhl errichten zu dürfen. Dieses Gestühl ist mit einer aufwendigen Bekrönung verziert, die die Wappen der Familien Schnitger und Otte zeigt. Am 28. Juli 1719 wurde Schnitger in der Kirchengruft beigesetzt.

Die Orgel, erbaut 1688, ist die größte zweimanualige Orgel von Arp Schnitger. Bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts blieb die Orgel nahezu unverändert. 1867 legte Johann Hinrich Röver das Rückpositiv still und errichtete stattdessen ein romantisches Hinterwerk. 1911 wurde die Unspielbarkeit des gesamten Instrumentes festgestellt. Zeitgleich mit der Wiederherstellung der Schnitger-Orgel in St. Jacobi initiierte Hans Henny Jahnn die Restaurierung der Neuenfelder Orgel. Es war einer der ersten Versuche, eine verhältnismäßig stark veränderte Barockorgel auf ihren Originalzustand zurückzuführen. Die handwerkliche Qualität der durch die Orgelbauwerkstatt Kemper durchgeführten Arbeiten ließ jedoch sehr zu wünschen übrig. Im Verlauf des 20. Jahrhunderts folgten weitere Restaurierungsversuche durch Paul Ott und Rudolf von Beckerath. 2017 erfolgte eine umfassende Restaurierung durch Kristian Wegscheider (Dresden).

I. Rückpositiv CDEFGA–c³
Quintadena ......... 8’ S/W
Gedact ................. 8’ S/W
Principal ................ 4’ S
Plockfloit ............... 4’ S
Quintfloit ............. 3’ S/W
Octav ................... 2’ S/W
Siefloit ............ 1 1/2’ W
Sexquialt ............. 2f. W
Tertzian ................ 2f. W
Scharf ..............4–6f. W
Trechter Regal ..... 8’ W

II. Oberwerk CDEFGA–c³
Quintadena ......... 16’ S
Prinzipal ................. 8’ S
Rohrfloit ................ 8’ S
Octav ..................... 4’ S
Spitzfloit ................ 4’ S
Nasat ..................... 3’ S
Octav ..................... 2’ S
Spielfloit ................ 2’ S
Rauschpfeiff ........ 2f. S
Mixtur ..............5–6f. W
Cimbel ................. 3f. W
Trommet .............. 8’ S/W
Krummhorn ......... 8’ W

Pedal CDE–d¹
Principal .............. 16’ S
Octav ..................... 8’ S
Octav ..................... 4’ S
Floit ........................ 4’ S
Nachthorn ........... 2’ S/W
Rauschpfeiff ...... 2f. S/W
Mixtur .................. 5f. W
Posaun ................ 16’ W
Trommet ............... 8’ W
Cornet ................... 2’ W

zwei Zimbelsterne (W), Nachtigall (W), Generaltremulant

Pfeifenmaterial:
S: Arp Schnitger (1688), ganz oder überwiegend
W: Kristian Wegscheider (2017)

Koppel: Manualschiebekoppel II/I; Spiel- und Registertraktur mechanisch, Schleiflade; Stimmung: modifiziert mitteltönig (1/5 syntonisches Komma)